Le SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, a eu un impact majeur sur la santé humaine dans le monde; infecter un grand nombre de personnes; causant une maladie grave et des séquelles de santé à long terme associées; entraînant des décès et une surmortalité, en particulier parmi les populations âgées et vulnérables; interrompre les services de santé courants; les perturbations des voyages, du commerce, de l’éducation et de nombreuses autres fonctions de la société; et plus largement ayant un impact négatif sur la santé physique et mentale des populations.
Depuis le début de la pandémie de COVID-19, l’OMS a reçu plusieurs rapports d’événements de santé publique inhabituels probablement dus à des variantes du SRAS-CoV-2. L’OMS évalue régulièrement si les variantes du SRAS-CoV-2 entraînent des modifications de la transmissibilité, de la présentation clinique et de la gravité, ou si elles ont un impact sur les contre-mesures, y compris les diagnostics, les traitements et les vaccins.
Une variante de SARS-CoV-2 avec une substitution D614G dans le gène codant pour la protéine de pointe est apparue fin janvier ou début février 2020. Sur une période de plusieurs mois, la mutation D614G a remplacé la souche initiale de SARS-CoV-2 identifiée en Chine et en juin 2020, il est devenu la forme dominante du virus en circulation dans le monde. Des études sur des cellules respiratoires humaines et sur des modèles animaux ont démontré que, par rapport à la souche virale initiale, la souche avec la substitution D614G a augmenté l’infectivité et la transmission.
Le virus SARS-CoV-2 avec la substitution D614G ne provoque pas de maladie plus grave ni ne modifie l’efficacité des diagnostics de laboratoire, des thérapies, des vaccins ou des mesures préventives de santé publique existants.
En août et septembre 2020, une variante du SRAS-CoV-2 liée à une infection chez le vison d’élevage et par la suite transmis à l’homme, a été identifié dans le Jutland du Nord, au Danemark. La variante, appelée variante «Cluster 5» par les autorités danoises, présente une combinaison de mutations non observées auparavant. En raison des études préliminaires menées au Danemark, il est à craindre que cette variante n’entraîne une réduction de la neutralisation du virus chez l’homme, ce qui pourrait potentiellement diminuer l’étendue et la durée de la protection immunitaire après une infection naturelle ou une vaccination. Des études sont en cours pour évaluer la neutralisation du virus chez les humains avec cette variante.
À ce jour, après une enquête et une surveillance approfondies, les autorités danoises n’ont identifié que 12 cas humains de la variante du Cluster 5 en septembre 2020, et il ne semble pas s’être largement répandu.
Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont signalé à l’OMS une variante désignée par le Royaume-Uni sous le nom de SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (Variant of Concern, année 2020, mois 12, variante 01). Ce variant contient 23 substitutions de nucléotides et n’est pas phylogénétiquement apparenté au virus SARS-CoV-2 circulant au Royaume-Uni au moment où le variant a été détecté.
Comment et d’où provient le SARS-CoV-2 COV 202012/01 n’est pas clair. SARS-CoV-2 VOC 202012/01 est initialement apparu dans le sud-est de l’Angleterre, mais en quelques semaines, il a commencé à remplacer d’autres lignées virales dans cette zone géographique et à Londres. Au 26 décembre 2020, le SARS-CoV-2 VOC 202012/01 a été identifié à partir d’un échantillonnage de routine et de tests génomiques effectués à travers le Royaume-Uni.
Épidémiologie préliminaire, modélisation, les résultats phylogénétiques et cliniques suggèrent que le SARS-CoV-2 VOC 202012/01 a augmenté la transmissibilité. Cependant, des analyses préliminaires indiquent également qu’il n’y a pas de changement dans la gravité de la maladie (mesurée par la durée d’hospitalisation et la mortalité de 28 jours), ou la survenue de réinfection entre les cas de variantes par rapport aux autres virus SRAS-CoV-2 circulant au Royaume-Uni.
Une autre des mutations du variant VOC 202012/01, la délétion à la position 69 / 70del s’est avérée affecter les performances de certains tests de diagnostic par PCR avec une cible de gène S. La plupart des tests PCR utilisés dans le monde utiliseront plusieurs cibles et par conséquent, l’impact du variant sur les diagnostics ne devrait pas être significatif. L’évaluation en laboratoire n’a démontré aucun impact significatif sur les performances des dispositifs à flux latéral à base d’antigène. Au 30 décembre,
Le 18 décembre, les autorités nationales d’Afrique du Sud ont annoncé la détection d’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 qui se propage rapidement dans trois provinces d’Afrique du Sud. L’Afrique du Sud a nommé cette variante 501Y.V2, en raison d’une mutation N501Y. Alors que le SARS-CoV-2 VOC 202012/01 du Royaume-Uni a également la mutation N501Y, l’analyse phylogénétique a montré que 501Y.V2 d’Afrique du Sud sont des variantes de virus différentes.
Au cours de la semaine commençant le 16 novembre, le séquençage de routine par les autorités sanitaires sud-africaines a révélé que cette nouvelle variante du SRAS-CoV-2 avait largement remplacé d’autres virus du SRAS-CoV-2 circulant dans les provinces du Cap oriental, du Cap-Occidental et du KwaZulu-Natal. Alors que les données génomiques ont souligné que la variante 501.V2 a rapidement déplacé d’autres lignées circulant en Afrique du Sud, et des études préliminaires suggèrent que le variant est associé à une charge virale plus élevée, ce qui peut suggérer un potentiel de transmissibilité accrue, ceci, ainsi que d’autres facteurs qui influencent la transmissibilité, font l’objet d’une enquête plus approfondie.
De plus, à ce stade, il n’y a aucune preuve claire que la nouvelle variante soit associée à une maladie plus grave ou à de pires résultats. Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour comprendre l’impact sur la transmission, la gravité clinique de l’infection, les diagnostics de laboratoire, les traitements, les vaccins ou les mesures préventives de santé publique. Au 30 décembre, la variante 501Y.V2 d’Afrique du Sud a été signalée dans quatre autres pays à ce jour. à ce stade, il n’y a aucune preuve claire que la nouvelle variante soit associée à une maladie plus grave ou à de pires résultats.
Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour comprendre l’impact sur la transmission, la gravité clinique de l’infection, les diagnostics de laboratoire, les traitements, les vaccins ou les mesures préventives de santé publique. Au 30 décembre, la variante 501Y.V2 d’Afrique du Sud a été signalée dans quatre autres pays à ce jour.
À ce stade, il n’y a aucune preuve claire que la nouvelle variante soit associée à une maladie plus grave ou à de pires résultats. Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour comprendre l’impact sur la transmission, la gravité clinique de l’infection, les diagnostics de laboratoire, les traitements, les vaccins ou les mesures préventives de santé publique. Au 30 décembre, la variante 501Y.V2 d’Afrique du Sud a été signalée dans quatre autres pays à ce jour.
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