Covid-19 : la HAS amorce la réévaluation des tests RT-PCR salivaires à la lumière de nouvelles données (Avis)

La HAS a mené une méta-analyse pour objectiver les performances des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire, par rapport à ceux sur prélèvement nasopharyngé. Il apparait que la perte de sensibilité est de l’ordre de 2 à 11%, ce qui est rassurant, notamment pour les personnes asymptomatiques, et permet d’envisager un élargissement des indications de ces tests. Des questions essentielles doivent toutefois être résolues pour cela.

L’importante hétérogénéité des résultats des tests salivaires et l’impact organisationnel très fort de leur déploiement nécessitent ainsi de définir les indications et les modalités de réalisation précises de ces tests. Cela fera l’objet d’un nouveau groupe de travail dans les jours qui viennent et d’un avis dédié. 

La Haute Autorité de Santé avait, en septembre 2020, défini les premières indications pour l’utilisation des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire. En l’état des connaissances, la HAS avait limité leur utilisation aux personnes symptomatiques pour lesquelles un prélèvement nasopharyngé était difficile voire impossible à réaliser. Les données alors disponibles sur le recours à ces tests pour les personnes sans symptômes étant encore trop partielles et révélant une sensibilité très dégradée, la HAS n’avait pas à ce stade recommandé leur utilisation en dépistage chez les personnes asymptomatiques.

Aujourd’hui, au niveau international, si les recommandations concernant les tests salivaires sont hétérogènes et globalement prudentes, les travaux scientifiques récents offrent, eux, de nouvelles perspectives. A la lumière des nouvelles données publiées et compte tenu de l’intérêt potentiel d’un développement de la RT-PCR sur prélèvement salivaire dans la lutte contre l’épidémie de Covid-19 (des tests plus acceptables car moins désagréables et plus faciles à répéter), la HAS a ainsi conduit une nouvelle revue systématique et réalisé une méta-analyse des éléments publiés.

Elle a ensuite procédé à une actualisation de son évaluation des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire et publie un nouvel avis sur leur performance. Il sera complété dans un second temps par un avis qui portera sur les conditions de réalisation de ces tests, leurs indications et leur place dans la stratégie de prise en charge de l’infection à SARS-CoV-2.

Un différentiel de performance objectivé

Depuis l’avis de la HAS, différentes publications sont intervenues sur le sujet des tests salivaires, dont une méta-analyse publiée mi-janvier. Pour faire le point sur leur apport, la HAS a mené sa propre méta analyse incluant 64 essais qui regroupent 18 931 patients. Cette étude d’envergure a permis de réévaluer avec un niveau de certitude inégalé jusqu’à présent, les performances diagnostiques des tests salivaires.

A la lumière de cette méta-analyse, un débat scientifique a pu être tranché. Jusqu’ici, on estimait qu’en cas de désaccord diagnostic entre deux tests RT-PCR l’un salivaire, l’autre nasopharyngé, c’était toujours le résultat du nasopharyngé qui devait être retenu. Le groupe de travail réuni par la HAS a pu établir un nouveau consensus : la technique RT-PCR étant identique dans les deux cas, dès lors qu’un des deux tests détecte la présence du virus, on considère que la personne est infectée. Ce changement de référentiel permet de mesurer  un  différentiel de sensibilité entre les deux types de prélèvement – il fixe en revanche par convention la spécificité des deux tests à 100% (on considère qu’aucun des deux ne peut entraîner de faux positif).

Avec cette nouvelle convention, le résultat de l’étude menée par la HAS est le suivant : en population symptomatique et asymptomatique, les tests RT PCR sur prélèvement salivaires induisent une perte de sensibilité limitée (mais significative d’un point de vue statistique) de 2 à 11% par rapport aux RT-PCR nasopharyngés. Cette perte de sensibilité reste toutefois acceptable et conforme aux exigences de performance clinique établies par la HAS, y compris pour les patients asymptomatiques. De plus, ce différentiel est à mettre en balance avec l’acceptabilité du prélèvement salivaire, par rapport au nasopharyngé, par exemple chez les enfants ou des populations pour qui un test doit être répété régulièrement.

Des travaux complémentaires à mener avant une prochaine mise à jour des indications

Si la méta-analyse est encourageante, elle met aussi en avant d’importants problèmes d’hétérogénéités de ces tests qui ont été soulignés par le groupe de travail de la HAS. Les kits utilisés, les modalités de prétraitement de la salive ou encore les protocoles d’extraction peuvent avoir un impact majeur sur la performance des tests salivaires en RT-PCR.

La HAS considère que les résultats attendus des études actuellement en cours, notamment en France (Salicov, Samlicov, Covisal), vont permettre d’apporter les réponses indispensables aux questions qui se posent avant toute extension des indications pour les tests salivaires. Comme depuis le début de la crise sanitaire, la HAS ajustera ses recommandations aussitôt que ces données seront disponibles au cours des toutes prochaines semaines.

Enfin, il apparait nécessaire de consulter des acteurs de terrain pour tenir compte de leurs contraintes. En effet, l’analyse des échantillons salivaires présente quelques spécificités. Elle requiert une étape supplémentaire (pré traitement des échantillons) et le calibrage des machines RT-PCR n’est pas le même que pour l’analyse d’un échantillon nasopharyngé : une machine ne peut faire les deux analyses en même temps. Il conviendra également de vérifier la capacité de ces tests à casser efficacement les chaines de transmission.

EasyCov : la confirmation d’un résultat positif par un test RT-PCR n’est plus nécessaire

Conséquence indirecte du nouveau consensus sur les cas positifs de référence, la HAS indique que l’obligation de contrôler les tests positifs par test salivaire RT-LAMP intégré (type EasyCov) est levée. La HAS avait recommandé au 27 novembre 2020 de confirmer un résultat positif de test EasyCov par un test RT PCR, du fait d’incertitudes sur la spécificité au regard des exigences définies par la HAS. Les études ayant montré que les tests positifs à EasyCov ressortaient également positifs par RT-PCR salivaire avec une très bonne correspondance, la réserve sur la spécificité peut être levée et avec elle la nécessité d’une confirmation.

A ce stade, et en l’attente de données complémentaires prochaines sur ses performances chez les personnes asymptomatiques, l’indication recommandée du test EasyCov est inchangée : utilisation chez les patients symptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé  est difficile voire impossible.