Santé publique France et le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon régulière, une analyse de risque sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion.
Les sources utilisées pour cette analyse de risque sont les suivantes : données de la surveillance génomique nationale issues du consortium EMERGEN (dont les enquêtes Flash, cf. page dédiée sur le site web de SpF), résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » (GISAID). Pour plus d’informations sur la définition des catégories de variants, se référer à l’analyse de risque du 28/07/2021.
Suite à une notification fin septembre 2021 de l’augmentation récente, principalement au Royaume-Uni, de la détection d’une souche virale particulière de Delta (sous-lignage AY.4) caractérisée par la présence de deux mutations additionnelles dans la protéine Spike, un suivi renforcé a été initié, en France et à l’international, afin de caractériser ce signal. Un lignage PANGOLIN lui a été attribué début octobre : AY.4.2, et les données de la base de données GISAID ont été mises à jour rétrospectivement le 21/10/2021. Ce document présente les informations disponibles à ce jour et l’analyse de risque SpF/CNR sur ce variant.
Le classement actuel des variants ainsi que les conclusions présentées dans l’analyse de risque du 13/10/2021 demeurent d’actualité jusqu’à la prochaine analyse de risque globale sur les variants.
1. Caractéristiques du sous-lignage AY.4.2 (au 21/10/2021)
AY.4.2 est issu du sous-lignage du VOC Delta AY.4, qui est actuellement majoritaire au Royaume-Uni et très présent ailleurs en Europe, y compris en France. Le variant AY.4.2 se caractérise par la présence de deux mutations additionnelles dans la protéine Spike : Y145H et A222V. A noter qu’une petite proportion (environ 10%) des séquences de AY.4.2 ne portent pas ces mutations. Plus rarement, d’autres sous-lignages de Delta présentent également ces mutations, comme le lignage B.1.617.2 (12% pour A222V, <0,5% pour Y145H et <0,5% pour la combinaison des deux mutations, sur l’ensemble des séquences B.1.617.2, source : outbreak.info, d’après les données de GISAID).
Ces deux positions se situent au niveau du domaine N-terminal de la protéine Spike, une des cibles des anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2. Des mutations dans ce domaine peuvent donc avoir un impact sur l’échappement à la réponse immunitaire :
- Plusieurs VOC et VOI présentent une substitution ou délétion à proximité de la position 145 (par exemple, Alpha et Eta : Y144Del ; Mu : Y144S et Y145N), ce qui suggère qu’il s’agit d’un site sur lequel s’exerce une forte pression de sélection liée à l’immunité post-infectieuse et post-vaccinale. A noter toutefois qu’aucun échappement vaccinal majeur n’a été observé pour ces variants, ce qui suggère le fait que la présence de mutations à cette position du génome ne suffise pas à elle seule à induire un échappement à la réponse immunitaire. Les premières détections de la substitution Y145H remontent au printemps 2020, mais celle-ci a été très peu retrouvée au niveau international avant août 2021. Sa détection est actuellement en forte recrudescence, portée très majoritairement par AY.4.2 (source : outbreak.info, d’après les données de GISAID).
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La substitution A222V a également été détectée à partir du printemps 2020, notamment portée par le lignage B.1.177 qui a fortement circulé en Europe à l’automne 2020. Sa détection avait nettement diminué à partir de l’émergence et la diffusion d’Alpha début 2021, mais semble en recrudescence depuis cet été, principalement en association avec la substitution Y145H (source : outbreak.info, d’après les données de GISAID).
A noter qu’à ce jour, l’impact spécifique de ces deux mutations, prises seules ou en association, sur les caractéristiques phénotypiques du variant Delta n’a pas été décrit. De la même manière, aucun changement phénotypique majeur par rapport au lignage parental B.1.617.2 n’a été décrit pour le sous-lignage AY.4.2, comme pour n’importe quel autre sous-lignage AY.* (cf. analyse de risque variants du 13/10/2021).
La fréquence de détection de ces deux mutations combinées parmi les variants Delta est actuellement en nette augmentation à l’échelle internationale depuis la fin-juillet 2021 (Figure 1), atteignant environ 6% des séquences totales de Delta (B.1.617.2 + AY.*). L’accumulation de mutations est un phénomène évolutif attendu étant donné la circulation importante de Delta, et d’autres mutations additionnelles dans la protéine Spike sont régulièrement décrites chez Delta (Figure 2). Certaines ont vu leur détection augmenter puis diminuer au bout de quelques semaines, comme les substitutions K417N et Q613H. D’autres, comme la substitution Q677H, augmentent régulièrement depuis l’été 2021. A noter toutefois que leur fréquence de détection reste actuellement très inférieure (par un facteur 10) à celle des substitutions Y145H et A222V retrouvées chez AY.4.2.
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