Santé publique France et le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon régulière, une analyse de risque sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion.
Les sources utilisées pour cette analyse de risque sont les suivantes : données du consortium EMERGEN dont les enquêtes Flash (cf. page dédiée sur le site web de SpF), résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » (GISAID). Pour plus d’informations sur la définition des catégories de variants, se référer à l’analyse de risque du 28/07/2021.
Ce document complète l’analyse de risque du 01/12/2021 avec une mise à jour des données sur le VOC Omicron et le VUM B.1.640. La prochaine analyse de risque est prévue début 2022.
1. Point-clés de la mise à jour de l’analyse de risque du 01/12/2021 en date du 15/12/2021
Plusieurs faits marquants sont à noter dans la présente actualisation de l’analyse de risque liée aux variants émergents du SARS-CoV-2 :
Variant préoccupant (VOC) Omicron 21K (B.1.1.529) :
- Le VOC Omicron 21K (B.1.1.529), classé VOC par l’OMS depuis le 26/11/2021, fait l’objet d’une surveillance renforcée au niveau national et international ; ce lignage a été divisé en deux sous- lignages ayant des profils légèrement différents, BA.1 (majoritaire) et BA.2 (encore très peu détecté) ;
- Les analyses épidémiologiques préliminaires en Afrique du Sud et au Royaume-Uni montrent un avantage en terme de transmission pour Omicron par rapport à Delta, avec un doublement des cas dans un intervalle de temps plus court et un risque de contamination des contacts proches trois fois plus élevé;
- En termes d’efficacité vaccinale, les données in vitro indiquent une faible capacité de neutralisation d’Omicron après deux doses, mais qui est encore présente après trois doses ; les analyses épidémiologiques préliminaires de UKHSA confirment ces données, avec une efficacité vaccinale de 70 à 75 % dans la période qui suit la dose de rappel ; une méta-analyse des données disponibles montre une efficacité vaccinale de 86,2% à 98,2% après une dose de rappel ;
- Au 14/12/2021, 8 826 cas confirmés d’infection par le VOC Omicron ont été récencés par l’ECDC au niveau mondial ; en Europe, si la majorité des pays rapportent uniquement des cas importés, des clusters importants et une circulation communautaire commencent à être détectés ;
- Au 17/12/2021, 347 cas confirmés d’infection par le VOC Omicron ont été détectés en France, et ces données sont mises à jour quotidiennement sur le tableau de bord InfoCovidFrance ; en restreignant l’analyse aux séquences Flash produites par les laboratoires ne priorisant pas l’analyse des cas suspects Omicron, une estimation préliminaire de la proportion d’Omicron en France métropolitaine a été calculée : elle était de 0% pour Flash S47 (22/11/2021), 0,1% pour Flash S48 (29/11/2021) et 1,4% pour Flash S49 (06/12/2021).
Variant en cours d’investigation (VUM) 20A/C B.1.640
- Le variant 20A/C B.1.640 est classé comme VUM par Santé publique France depuis le 12/11/2021 ; le lignage B.1.640 a été divisé en deux sous-lignages : B.1.640.1, majoritaire et correspondant aux cas initialement détectés, et B.1.640.2, détecté au sein d’un cluster ; B.1.640.2 est caractérisé par la présence de la mutation E484K, qui est une des cibles de la stratégie de criblage actuelle ;
- Au 14/12/2021, 205 séquences de B.1.640 ont été déposées dans la base de données internationale GISAID par 14 pays ; la majorité des prélèvements proviennent de France (n=129), suivie de la République du Congo (n=36) puis de l’Italie (n=13) ;
- Au 13/12/2021, 323 cas confirmés d’infection par B.1.640 ont été détectés en France, dans 12 régions ; l’Île-de-France est la région avec le plus grand nombre de cas identifiés et des clusters ont été détectés dans les Hauts-de-France et en Normandie ;
- Un suivi épidémiologique renforcé et des études in vitro sont en cours à Santé publique France et au CNR pour évaluer les caractéristiques de ce variant et son impact en santé publique.
2. Données supplémentaires sur Omicron
Ce chapitre est une mise à jour des données présentées dans l’analyse de risque du 01/12/2021.
2.1. Classification
Depuis le 01/12/2021, le lignage B.1.1.529, correspondant au VOC Omicron, a été divisé en deux sous- lignages : BA.1 et BA.2 (1). Le sous-lignage BA.1 correspond aux souches Omicron initialement décrites et représente plus de 99% des séquences Omicron disponibles sur la base de données internationale GISAID (au 13/12/2021). Des séquences BA.2 ont été identifiées en Afrique du Sud, au Canada, au Danemark et en Australie. Les mutations présentes chez BA.1, BA.2 ou les deux sous-lignages sont présentées dans la Figure 1. Entre autres, BA.2 ne possède pas la délétion 69-70 dans la protéine Spike, ce qui empêche de le suivre grâce au « S-gene target failure » (SGTF). Ces deux sous-lignages portent la mutation K417N. Du fait du nombre faible de cas de BA.2 répertoriés, aucune analyse des différences entre ces deux sous-lignages n’est possible à ce jour.
2.2. Transmissibilité
La majorité des cas d’infection par le VOC Omicron ont été détectés en Afrique du Sud et au Royaume-Uni. Les analyses épidémiologiques réalisées dans ces deux pays ont montré un avantage compétitif d’Omicron par rapport à Delta en terme de transmission. Dans la province de Gauteng en Afrique du Sud, où l’augmentation exponentielle des cas a permis la première détection d’Omicron, il a été estimé que le nombre de cas doublait tous les 3,4 jours (2, 3).
En Angleterre, un suivi du SGTF, désormais hautement prédictif d’Omicron, est réalisé par UK Health Security Agency (UKHSA). Malgré une prédominance de Delta, la proportion de cas présentant SGTF continue à augmenter rapidement dans toutes les régions. En se basant sur le nombre ajusté de SGTF, le taux de croissance estimé d’Omicron est de 0,35 par jour avec une R effectif de 3,7 [3,3-4,2]. Si Omicron continue à augmenter au rythme actuel, le nombre de nouveaux cas d’Omicron par jour devrait égaler celui de Delta à la mi-décembre (4, 5).
Des études sur les transmissions intra-foyers et le suivi des contacts à risque suggèrent un risque trois fois plus élevé de transmission aux contacts lorsque le cas index est infecté par Omicron, par rapport à un cas index infecté par Delta. Cependant, ces résultats peuvent être influencés par la surveillance renforcée dont fait l’objet Omicron, qui peut permettre une meilleure identification des cas. De plus, ces données ne sont pas corrigées pour prendre en compte l’impact de la vaccination ou d’une infection précédente chez les contacts, ces variables n’étant pas disponibles au moment de l’analyse. Ces résultats décrivent donc un avantage global de croissance de ce variant, avantage qui peut être lié à de facteurs aussi bien intrinsèques qu’extrinsèques. Ces résultats seuls ne permettent donc pas de conclure sur la transmissibilité inhérente à ce variant, et restent à confirmer (4).
Les Ct (« cycle threshold », résultats de PCR qui est d’autant plus élevé que la charge virale est faible) des cas SGTF (proxy Omicron) ont aussi été analysés par UKHSA. Les premières données montrent une diminution rapide de ces Ct, de 30 à 23, au cours des deux dernières semaines. En parallèle, les valeurs de Ct des cas positifs pour le SARS-CoV-2 mais négatifs pour SGTF (proxy Delta) restent faibles, autour de 20. Lors des vagues précédentes en Angleterre, la baisse des valeurs de Ct a été associée à un plus grand nombre d’individus atteints d’une infection aiguë. Elle peut s’expliquer ici par la croissance exponentielle rapide du nombre de cas d’infections par le variant Omicron (4).
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