En semaine 10 (du 07 février au 13 mars), le taux d’incidence, qui était toujours à un niveau très élevé, est reparti à la hausse (+25%). Le R-effectif, supérieur à 1, confirme l’accélération de la circulation du SARS-CoV-2 sur le territoire. Le nombre de nouvelles admissions à l’hôpital s’est par ailleurs stabilisé.
En Outre-mer, le taux d’incidence était particulièrement élevé en Martinique (>3 100/100 000 habitants). Les admissions en soins critiques et les décès ont, quant à eux, continué de diminuer. Le sous-lignage BA.2 du variant Omicron est majoritaire sur le territoire national depuis la semaine 09 (57%). Au 15 mars, les couvertures vaccinales étaient globalement stables par rapport à la semaine précédente : 83,0% des 65 ans et plus et 74,4% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel vaccinal.
Dans le contexte d’une augmentation de la circulation du SARS-CoV-2 et des virus grippaux, le maintien des gestes barrières reste recommandé, notamment pour protéger les plus fragiles (port du masque dans les espaces mal ventilés ou de promiscuité importante, lavage des mains, aération des lieux clos).
L’effort de vaccination envers les personnes de 80 ans et plus doit dorénavant intégrer la deuxième dose de rappel chez les personnes éligibles. Le respect des autres mesures, en particulier en cas de symptôme, de test positif ou de contact à risque, ainsi que l’adhésion au contact-tracing demeurent essentiels.
Le taux d’incidence en augmentation après six semaines de baisse
Au niveau national, le taux d’incidence a augmenté en semaine 10, après six semaines consécutives de baisse, s’élevant à 686 cas pour 100 000 habitants (+25%), soit plus de 65 000 nouveaux cas en moyenne par jour. Cette augmentation était observée dans toutes les classes d’âge. Le taux d’incidence était supérieur à 800 chez les 6-10 ans (+39%), les 11-14 ans (+41%) et les 30-39 ans (+22%). Le taux de dépistage a également progressé (+11%) après plusieurs semaines de baisse. Stable chez les 90 ans et plus, il a le plus augmenté chez les 3-5 ans (+28%) et les 6-10 ans (+39%). Après une semaine de stabilisation à un niveau élevé, le taux de positivité est lui aussi reparti à la hausse (23,4%, +2,7 points).
En France métropolitaine, le taux d’incidence a augmenté dans toutes les régions, allant de +4% en Occitanie à +40% dans les Hauts-de-France. Il était le plus élevé en Bretagne (1 002,+27%) et dans le Grand Est (998, +31%). Le taux de dépistage était également en augmentation sur l’ensemble du territoire et était le plus élevé dans le Grand Est (3 657,+15%), en Provence-Alpes-Côte d’Azur (3 428,+5%) et en Corse (3 326,+5%). En Outre-mer, le taux d’incidence a augmenté sur l’ensemble des territoires à l’exception de Mayotte et s’élevait à 3 182/100 000 en Martinique (+29%), dépassant le niveau atteint en début d’année (3 149 en semaine 03). Il était supérieur à 1 000 en Guadeloupe (+55%) et à La Réunion (+8%).
Situation épidémiologique chez les enfants : Incidence et dépistage par niveau scolaire
En semaine 10, le taux d’incidence était en hausse dans l’ensemble des classes d’âge scolaire. Il était le plus élevé chez les 6-10 ans (+39%) et les 11-14 ans (+41%), ces derniers montrant la plus forte augmentation. Ce rebond du taux d’incidence avait déjà débuté la semaine précédente chez les 3-5 ans (+22% en S09 vs +14% en S10) et les 6-10 ans (+11% en S09) alors que ce taux était toujours en légère baisse dans les autres classes d’âge. Le taux de dépistage était également en hausse dans toutes les tranches d’âge. Il était le plus haut chez les 6-10 ans (3 194,+39%). Le taux de positivité a évolué de façon contrastée selon les classes d’âge. Il a fortement augmenté chez les 11-14 ans (30,2%, +6,8 points) et les 15-17 ans (28,1%, +3,0 points), et plus faiblement chez les 0-2 ans (20,9%, +0,8 point). Il était en revanche stable chez les 6-10 ans (29,3%) et en baisse chez les 3-5 ans (-2,4 points).
Stabilisation des nouvelles hospitalisations et poursuite de la baisse des admissions en soins critiques
Au niveau national, le nombre de nouvelles admissions à l’hôpital s’est stabilisé (-5%) alors que la baisse des nouvelles admissions en soins critiques s’est poursuivie (-17%). Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS a continué de diminuer, tout comme la mortalité toutes causes, en baisse depuis la semaine 06, avec toutefois un excès à la limite du seuil de significativité chez les 65-84 ans en semaine 09.
En France métropolitaine, les taux de nouvelles hospitalisations se sont stabilisés ou étaient en légère baisse, excepté dans les Hauts-de-France (+17%). En Outre-mer, les taux de nouvelles hospitalisations restaient les plus élevés à La Réunion, bien qu’en légère baisse.
Le sous-lignage BA.2 majoritaire représente désormais 57% des séquences Omicron
Les données de séquençage confirment la dominance d’Omicron en France et la quasi-disparition de la circulation de Delta. Omicron représentait plus de 99,9% des séquences interprétables dans l’enquête Flash S09 (28/02).
En plus des trois sous-lignages d’Omicron BA.1, BA.2 et BA.3, d’autres sous-lignages ont été définis au sein de BA.1 (36 au 16/03). Ces sous-lignages de BA.1 sont issus d’une classification génétique très fine à visée de suivi évolutif d’Omicron, et rien n’indique à ce jour qu’ils aient des caractéristiques différentes (en termes de transmissibilité, d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité) du sous-lignage BA.1 initial. En cohérence avec les tendances des semaines précédentes, le sous-lignage BA.2 est aujourd’hui majoritaire en France, avec 57% des 2 002 séquences Omicron de l’enquête Flash S09. La progression de BA.2 au détriment de BA.1 est observée dans l’ensemble du territoire métropolitain, mais à des niveaux différents selon les régions.
Depuis le 18 février 2022, un recombinant Delta/Omicron fait l’objet d’un suivi renforcé par les laboratoires du consortium EMERGEN, Santé publique France et le CNR Virus des infections respiratoires. Le lignage XD lui a été assigné et est donc à présent le nom officiel de ce recombinant. La majorité du génome du variant XD correspond au variant Delta (sous-lignage AY.4), mais une large portion du gène S (codant pour la protéine Spike) correspond au variant Omicron (sous-lignage BA.1).
Au 14 mars, 41 séquences du variant XD ont été détectées en France, dont 21 au cours d’enquêtes Flash. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions et remontant à début janvier 2022, ce qui suggère une circulation à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines. À ce jour, très peu de données sont disponibles sur les caractéristiques du variant XD, mais des investigations sont en cours. Plus d’informations sont disponibles dans l’analyse de risque variants du 23/02/2022.
83% des 65 ans et plus ont reçu une dose de rappel
Au 15 mars 2022, l’estimation de la couverture vaccinale en population générale était de 79,5% pour une primo-vaccination complète et de 58,4% pour la dose de rappel. Parmi les 18 ans et plus, 73,0% avaient reçu une dose de rappel et 82,6% de ceux qui étaient éligibles au rappel à cette date l’avaient effectivement reçu. Parmi les 65 ans et plus, 83,0% avaient reçu une dose de rappel et 91,0% de ceux qui y étaient éligibles à cette date l’avaient reçu. En outre, 9,3% des enfants âgés de 10 à 11 ans avaient reçu une première dose de vaccin (3,1% pour les 5 à 9 ans).
Par ailleurs, Santé publique France publie la mise à jour de la Surveillance des cas de COVID-19 chez les professionnels en établissements de santé et Bilan des activités de traçage des contacts.
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