Santé publique France met en place, en lien avec ses partenaires et grâce à la mobilisation des professionnels de santé, pour la saison 2023-2024, une surveillance des infections respiratoires aiguës (IRA) dite intégrée, car incluant le Covid-19, la grippe et la bronchiolite (VRS) sous un même format de restitution hebdomadaire.
Cette surveillance multi-sources s’appuie sur un large réseau de partenaires : elle regroupe ainsi différents dispositifs de surveillance en médecine de ville, dans les établissements médico-sociaux (EMS) et à l’hôpital, utilisant les données issues des cliniciens, des laboratoires de biologie médicale ou encore de l’analyse des eaux usées. Les indicateurs produits permettront de suivre les infections respiratoires aiguës de manière groupée ou spécifique et de mieux estimer leur fardeau et impact sur le système de soins.
Ils seront analysés et restitués chaque semaine dans un bulletin épidémiologique publié sur le site de l’agence à partir du 11 octobre 2023 et seront pour la plupart disponibles en open data surGéodes et/ou data.gouv.fr.
Une approche intégrée de la surveillance des IRA avec un large réseau de partenaires
L’hiver 2022-2023 a été marqué par la circulation de plusieurs virus respiratoires (Covid-19, bronchiolite à VRS et grippe). Cette triple épidémie qui a succédé à 2 années de pandémie a lourdement pesé sur le système de soins. Dans ce contexte, il est essentiel de surveiller avec vigilance la prochaine saison hivernale.
Santé publique France propose dans le cadre de ses missions, une approche intégrée de la surveillance des IRA permettant de mieux évaluer leur fardeau en santé publique et leur impact sur l’offre de soins.
« La surveillance est le cœur de notre métier, elle s’exerce grâce à un large réseau de partenaires et de professionnels de santé fortement mobilisés. Aujourd’hui, nous entrons dans une nouvelle phase qui repose sur l’adaptation de systèmes existants ou d’autres nouvellement créés. La complémentarité de ces systèmes de surveillance nous permettra de suivre la dynamique épidémique et d’apprécier son évolution de manière globale et par pathologie. Ces éléments sont indispensables à la décision et l’action publique et à l’information des citoyens. Les équipes de Santé publique France sur tout le territoire travaillent au quotidien à une optimisation constante de la surveillance. Ainsi, la surveillance intégrée des IRA sera amenée à s’enrichir dans les mois à venir. » Dr Caroline Semaille, Directrice générale de Santé publique France
Mesurer et analyser la circulation des virus en population et sur le territoire
La surveillance virologique permet de détecter la présence de virus dans la population. Elle repose pour le SARS-CoV-2, les virus grippaux et le VRS sur l’activité du CNR Virus des infections respiratoires et le réseau Sentinelles pour la médecine de ville (médecins généralistes et pédiatres), ainsi que le réseau RENAL pour le milieu hospitalier. Au système SI-DEP, né pendant la pandémie de Covid-19, s’est substitué un système qui permet, selon les mêmes modalités techniques, la poursuite de la remontée des résultats de tests PCR et TAG du Covid-19 par les seuls laboratoires de biologie médicale publics et privés. Ce système, qui repose sur l’intégration du Covid-19 à la liste des maladies nécessitant une surveillance particulière, a vocation à s’élargir progressivement, aux autres IRA, à savoir la grippe et le VRS.
La surveillance génomique du SARS-CoV-2, mise en place pendant la pandémie de Covid-19, permet quant à elle de suivre l’évolution des virus en circulation, de les décrire et d’évaluer leur impact en termes de santé publique. Elle est réalisée sous l’égide du consortium EMERGEN associant Santé publique France et l’ANRS|MIE. Le suivi des variants circulants du SARS-CoV-2 s’effectue à partir des enquêtes Flash réalisées chaque semaine sur un échantillon aléatoire de tests PCR. Le CNR des virus respiratoires réalise également une surveillance génomique des autres virus, notamment la grippe et la bronchiolite à VRS.
En complément des indicateurs liés au dépistage et au suivi des variants, de nouveaux indicateurs sont produits à partir de l’analyse des eaux usées. Cette surveillance permet de détecter la présence ou l’absence du virus du Covid-19 dans un territoire donné et d’en mesurer les tendances en s’affranchissant des pratiques de dépistage.
Surveillance dans les eaux usées, concrètement comment ça marche ?
Un prélèvement hebdomadaire est réalisé dans 12 stations de traitement des eaux usées (STEU), réparties dans chacune des régions de France hexagonale (à l’exception de la Corse) sélectionnées sur des critères de population et de représentativité territoriale. Les stations suivies sont localisées dans les agglomérations de Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Nantes, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen, Toulouse. Les prélèvements effectués par la collectivité sont alors envoyés au Laboratoire national de référence, Laboratoire d’Hydrologie de Nancy (LHN) de l’Anses qui réalise les analyses microbiologiques afin de détecter et, le cas échéant, quantifier la présence du virus SARS-CoV2, à l’origine de la maladie.
Les résultats sont transmis à Santé publique France pour la production d’indicateurs qui permettent d’estimer la circulation du virus sur le territoire et d’observer les tendances.
Cette surveillance s’inscrit dans le cadre du dispositif national de surveillance microbiologique des eaux usées (dispositif SUM’EAU), mis en œuvre à l’initiative de la Direction générale de la santé et de la Direction de l’eau et de la biodiversité. Elle a vocation à rapidement s’élargir à d’autres stations de traitement des eaux usées.
Suivre et analyser la gravité et le poids des épidémies sur le système de soins
La surveillance clinique des IRA permet de quantifier les actes médicaux et les passages aux urgences pour IRA dans leur ensemble et par pathologie. Elle est réalisée en médecine de ville avec le réseau Sentinelles de médecins généralistes et les associations SOS Médecins ; aux urgences grâce aux réseau Oscour®. Elle est complétée par le suivi des cas graves de grippe, Covid-19 et VRS admis en services de réanimation adultes et pédiatriques et celui des épisodes de cas groupés d’IRA dans les établissements médicaux sociaux (EMS).
La surveillance de la mortalité s’appuie sur le dispositif SurSaUD® avec les données de mortalité toutes causes (Insee) et les décès certifiés par voie électronique avec mention de grippe ou de Covid-19 (Inserm/CépiDc).
Comprendre et mesurer l’adhésion de la population aux gestes de prévention et à la vaccination
Le suivi des couvertures vaccinales grippe et Covid-19 en population générale et dans des populations spécifiques (EMS et professionnels de santé) permet d’identifier le pourcentage de personnes ayant été vaccinées à partir des bases de données de l’assurance maladie alimentées par les professionnels de santé réalisant les vaccinations.
L’étude de l’évolution des comportements(gestes barrières, adhésion à la vaccination contre la grippe et le Covid-19, pratiques de dépistage …) et de la santé mentale (bien-être, troubles dépressifs, anxieux et conduites suicidaires) des Français a été réalisée depuis le 23 mars 2020 à travers les enquêtes transversales répétées CoviPrev. Les résultats de la dernière de ces enquêtes, effectuée en septembre 2023, seront publiés prochainement. Santé publique France a engagé une réflexion pour étendre cette série d’enquêtes à l’ensemble des IRA à partir de 2024.
Open data : quels sont les indicateurs disponibles et à quelle fréquence ?
Les indicateurs Covid-19 issus de la surveillance virologique (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage au niveau départemental, régional et national) sont disponibles sur Géodes sur data.gouv.fr en semaines calendaires et en semaines glissantes. Ils sont mis à jour tous les mercredis.
En savoir plus : L’indicateur hebdomadaire qui s’appuie sur les données collectées sur une semaine calendaire, du lundi au dimanche, permet d’établir des comparaisons semaine après semaine. L’indicateur sur 7 jours glissants permet de lisser les données pour mieux percevoir les tendances de l’épidémie en s’affranchissant des fluctuations quotidiennes. Ces indicateurs sont les plus utilisés car ils permettent des analyses robustes et donnent une vision plus réactive de la situation.
Les nouveaux indicateurs publiés le 5 octobre :
- Les indicateurs Covid-19 issus de la surveillance dans les eaux usées sur Data.gouv.fr
- Les cas groupés d’IRA en établissements médicaux sociaux sur Géodes et Data.gouv.fr
Les indicateurs à venir d’ici la fin de l’année en open data :
- Les indicateurs de couverture vaccinale Covid-19 sur Géodes et sur Data.gouv.fr
- Les taux d’actes médicaux, taux de passage aux urgence et taux d’hospitalisation après passage aux urgences pour IRA sur Géodes et sur Data.gouv.fr
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