Depuis 2018, la politique de vaccination a connu d’importantes évolutions, avec l’extension des obligations vaccinales des nourrissons (passées de 3 à 11) et l’élargissement des professionnels habilités à vacciner. Le rapport de la Cour, qui a bénéficié d’un comité d’accompagnement composé d’universitaires et de professionnels de santé, s’est donc attaché à évaluer dans quelle mesure cette politique publique a atteint les principaux objectifs assignés par les pouvoirs publics depuis 2018.
Centrée sur la population générale, hors vaccination de crise (en particulier celle contre la covid 19), cette évaluation examine l’impact des modifications introduites sur la couverture vaccinale de la population, l’efficience des stratégies vaccinales ainsi que leur effet sur les inégalités sociales et territoriales en matière de vaccination. Elle ne s’est pas intéressée à la vaccination des professionnels de santé ni à celle des voyageurs.
Alors que les dépenses pour la vaccination ont atteint 1,4 Md€ en 2024 et que la part liée à l’achat des vaccins est en forte croissance (de près de 70 % depuis 2018), la mobilisation des vaccinateurs, l’évaluation de l’efficience et le ciblage des populations les moins bien couvertes doivent être renforcés.
Les effets inégaux des évolutions récentes de la politique vaccinale sur la couverture de la population
La France ne dispose toujours pas d’un carnet vaccinal numérique complet et accessible. En octobre 2025, seuls 11 % des dossiers médicaux partagés (DMP) activés, consultables dans « Mon espace santé », comportaient une note de vaccination, principalement renseignée par les pharmaciens. Cette lacune complique le suivi des rappels par les professionnels de santé et le pilotage de la politique publique. D’ici la fin 2028, le DMP et le système national des données de santé devront être alimentés par tous les vaccinateurs. La Cour recommande en outre la définition d’une stratégie de reprise de l’historique des vaccinations.
Le passage en 2018 de 3 à 11 obligations vaccinales pour les nourrissons a consolidé les couvertures déjà élevées de vaccins anciens et favorisé la progression des plus récents. Des insuffisances persistent néanmoins dans le cas de la rougeole : plus de 870 cas et au moins quatre décès ont été recensés en 2025. La couverture demeure inférieure au seuil de 95 % nécessaire pour prévenir les épidémies, rendant indispensable une stratégie de rattrapage.
Le quasi-triplement du nombre de vaccinateurs potentiels a produit des résultats mitigés. Les pharmaciens réalisent désormais près de deux vaccinations contre la grippe sur trois mais les autres professionnels de santé et lieux de soins restent insuffisamment mobilisés. La vaccination contre les HPV au collège est également décevante : en 2024-2025, seuls 9,2 % des élèves de cinquième y ont reçu une première dose. La vaccination doit être pleinement intégrée à la stratégie de santé scolaire. Le financement de la vaccination dans les services de protection maternelle et infantile doit par ailleurs être consolidé.
Un effet avéré de la vaccination sur le système de santé, une efficience à conforter
Les effets sanitaires et économiques de la vaccination sont avérés. Les nouvelles mesures de prévention de la bronchiolite ont été associées à une diminution d’environ 80 % des hospitalisations des nourrissons lors de leur première saison d’exposition. Selon un modèle de simulation développé par la Cour, la vaccination contre les rotavirus aurait également permis d’éviter entre 23 000 et 32 000 hospitalisations. Le taux de couverture de la population, de 55 % en 2025, reste toutefois trop faible pour produire pleinement les bénéfices attendus.
La vaccination contre la grippe présente aussi un intérêt économique manifeste. Une saison entraîne en moyenne 2,5 millions de consultations médicales et 9 000 à 10 000 décès. En 2017-2018, la campagne a coûté 108 M€ mais aurait réduit les dépenses de soins de 155 M€ selon une étude de la CNAM, soit une économie nette de 46,5 M€. Le taux de couverture des personnes âgées demeure pourtant très inférieur à l’objectif de 75 %.
L’augmentation du prix des vaccins rend indispensable une meilleure prise en compte de l’efficience. Certains vaccins antigrippaux plus fortement dosés ou avec adjuvant coûtent ainsi plus du double des vaccins classiques, pour une efficacité supplémentaire jugée « au mieux modeste ». Les stratégies possibles doivent donc être comparées avant toute décision. L’organisation actuelle de la Haute Autorité de santé, qui repose sur plusieurs commissions, ne permet pas d’évaluer simultanément le bénéfice médical, l’efficience et l’impact budgétaire de la stratégie vaccinale. Les séquences de l’évaluation doivent être regroupées et l’efficacité, la sécurité et l’efficience mieux évaluées en conditions réelles d’utilisation.
Un succès variable de la politique vaccinale dans la réduction des inégalités sociales et territoriales
Le bilan est contrasté en la matière : les inégalités territoriales ont diminué, mais pas les inégalités sociales. S’agissant des inégalités territoriales, pour le méningocoque C, l’écart entre les taux départementaux extrêmes est ainsi passé de 50 points en 2016 à 18 points en 2023. Les campagnes de vaccination contre les HPV au collège ont légèrement resserré les disparités territoriales, mais des écarts importants persistent, notamment outre-mer, où la couverture à l’issue de la première campagne était deux fois inférieure à la moyenne nationale.
Les inégalités sociales restent pour leur part marquées. En 2022, la couverture contre la grippe des bénéficiaires de la complémentaire santé solidaire était inférieure de 18 points à la moyenne nationale. Les campagnes contre les HPV au collège n’ont pas résorbé ce gradient au sein des établissements et les collèges relevant de l’éducation prioritaire étaient près de deux fois plus nombreux à ne pas les avoir mises en œuvre. Parallèlement, les services de protection maternelle et infantile, essentiels pour les publics vulnérables, ont perdu plus de 20 % de leurs effectifs médicaux entre 2018 et 2024 et apparaissent fragilisés.
Les actions destinées aux personnes éloignées des soins sont rarement évaluées. La stratégie vaccinale doit donc fixer des objectifs par territoire et par pathologie et reproduire les interventions efficaces qui doivent être mieux identifiées. Enfin, l’attribution d’un statut de service de santé à l’Office français de l’immigration et de l’intégration lui permettrait de proposer directement la vaccination aux demandeurs d’asile.