La suspension de la transmission des résultats de tests COVID-19 dans la base de données SI-DEP à partir du 27 octobre, ainsi que la suspension de l’activité par une partie des laboratoires de biologie médicale privés entre le 14 et le 17 novembre ont eu pour conséquence la perturbation de la production des indicateurs virologiques de Santé publique France.
En conséquence, les analyses réalisées à partir des indicateurs SI-DEP produits à partir du 28 octobre s’appuient sur les tests antigéniques (TAG), essentiellement réalisés par les officines de pharmacie, ainsi que sur les RT-PCR des laboratoires ayant poursuivi leur transmission.
Les indicateurs virologiques augmentent
En semaine 46 (du 14 au 20 novembre) l’ensemble des indicateurs virologiques montraient une reprise de la circulation du SARS-CoV-2, et ce dans l’ensemble des classes d’âge. Les taux d’incidence et de positivité calculés à partir des tests antigéniques seuls ainsi que ceux calculés à partir de l’ensemble des tests confondus ont augmenté.
Augmentation des indicateurs hospitaliers après 4 semaines de baisse
En semaine 46, les recours aux soins pour suspicion de COVID-19 étaient de nouveau en augmentation, avec 2 732 actes chez SOS Médecins (+6%) et 3 097 passages aux urgences (+13%) enregistrés. Cette hausse concernait toutes les classes d’âge aux urgences et uniquement les enfants et les 15-44 ans dans les associations SOS Médecins.
Les indicateurs hospitaliers ont augmenté en semaine 46, avec 4 210 nouvelles hospitalisations comptabilisées (soit +6%), dont 386 (+9%) en soins critiques. Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS demeurait, quant à lui, en diminution (351, soit -6%, données non consolidées), mais de manière moins marquée par rapport aux semaines précédentes.
Omicron circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent
En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 93% des séquences interprétables de l’enquête Flash S45 (07/11, sur la base de 576 séquences interprétables seulement). Les données de l’enquête Flash S45 sont préliminaires et doivent être interprétées avec précaution, celles de Flash S44 n’étant pas disponibles en raison d’un nombre de séquences trop faible, consécutif à la grêve des laboratoires privés, pour avoir des proportions robustes et interprétables.
Parmi ces sous-lignages, la détection du sous-lignage BQ.1.1 continuait d’augmenter, avec 39% des séquences interprétables au cours de l’enquête Flash S45 (vs 29% pour Flash S43). Le sous-lignage BA.4 (tous sous-lignages compris) circulait à des niveaux faibles, avec 2% des séquences interprétables au cours de Flash S45 (vs 4% en S43).
La détection de mutations en position L452 par les tests de criblage restait stable à des niveaux élevés (91% en S45 vs en 93 S43), en lien avec la circulation de BA.4 et BA.5 observée par séquençage. Des informations complémentaires sont disponibles dans l’analyse de risque du 16/11/2022.
La vaccination chez les personnes éligibles doit être renforcée
Au 21 novembre, 82,7% des 65 ans et plus avaient reçu au moins une dose de rappel. Par ailleurs, depuis leur mise à disposition, 6,1% des 60-79 ans et 7,9% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel adapté au variant Omicron (8,6% et 9,7% chez les éligibles respectivement)¹.
Chez les 60-79 ans, 31,2% sont considérés comme protégés par la vaccination (vaccination récente datant de moins de 6 mois, tous vaccins confondus). Chez les 80 ans et plus, 12,0% sont considérés comme protégés (vaccination récente datant de moins de 3 mois, tous vaccins confondus).
Ces proportions ne prennent pas en compte les infections à SARS-CoV-2 ayant pu survenir dans ce délai.
Mise à disposition de nouveaux indicateurs de vaccination
Dans l’objectif de suivre la campagne automnale de vaccination du rappel contre la COVID-19 lancée le 03 octobre 2022, Santé publique France publie à compter du jeudi 24 novembre de nouveaux indicateurs relatifs au suivi de la couverture vaccinale de la dose de rappel adaptée aux variants Omicron (vaccins bivalents). Ces données concernent uniquement les rappels de vaccin pour les personnes éligibles ayant déjà reçu au moins une primo-vaccination.
Deux nouveaux indicateurs seront disponibles en open data sur le site cartographique Géodes et sur data.gouv.fr, avec l’historique reconstitué, et seront déclinés par classes d’âge, type de vaccin et au niveau national, régional et départemental :
- La couverture vaccinale du rappel adaptée aux variants omicron calculée en population générale chez les personnes âgées de 12 ans et plus
- La couverture vaccinale et nombre de personnes ayant reçu un 3ème rappel contre la COVID-19
Ces données seront exprimées par lieu de résidence et mises à jour quotidiennement, à l’exception des week-ends et jours fériés.
Dans le contexte d’une circulation toujours active du SARS-CoV-2, et à l’approche de l’hiver, la vaccination doit être renforcée, notamment par le rappel avec un vaccin bivalent chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur).
Par ailleurs pour les personnes à risque de développer une forme grave de la grippe et de COVID-19, la vaccination contre le virus de la grippe est également recommandée. Les vaccinations contre la grippe et contre la COVID-19 peuvent être réalisées au cours d’une même consultation.
L’application des gestes barrières est essentielle dans un contexte de co-circulations des virus de l’hiver
Pour se protéger et protéger les personnes à risque de formes graves de COVID-19, l’application des gestes barrières reste nécessaire comme le port systématique du masque en présence de personnes fragiles ou en cas de promiscuité dans les espaces fermés et le lavage des mains.
Dans le contexte d’une forte épidémie de bronchiolite, il est également recommandé aux parents de nourrissons et jeunes enfants, ainsi que leur entourage, d’adopter les gestes barrières pour limiter la transmission du virus à l’origine de la bronchiolite.
Le suivi des autres mesures préconisées pour la COVID-19 demeure également essentiel : isolement en cas de test positif et/ou en cas de symptôme.
Pour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les Points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
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