La suspension de la transmission des résultats de tests COVID-19 dans la base de données SI-DEP du 27 octobre au 03 novembre, ainsi que la suspension de l’activité par une partie des laboratoires de biologie médicale privés entre le 14 et le 16 novembre ont eu pour conséquence la perturbation de l’interprétation des évolutions des indicateurs virologiques de Santé publique France.
En conséquence, l’analyse des indicateurs virologiques issus de SI-DEP produits à partir du 28 octobre s’appuie sur les tests antigéniques (TAG), essentiellement réalisés par les officines de pharmacie, ainsi que sur les RT-PCR des laboratoires ayant poursuivi leur transmission.
Poursuite de la hausse des indicateurs virologiques
En semaine 47 (du 21 au 27 novembre 2022), malgré les mouvements de grève de certains laboratoires de biologie médicale privés, l’ensemble des indicateurs virologiques issus de SI-DEP ainsi que ceux de recours aux soins restaient cohérents. Une accélération de la circulation du SARS-CoV-2 était nettement observée avec des taux d’incidence et de positivité calculés à partir des tests antigéniques et de l’ensemble des tests, de nouveau en hausse.
Les recours aux soins pour COVID-19 toujours en augmentation
En semaine 47, les recours aux soins pour suspicion de COVID-19 poursuivaient leur augmentation, avec 2 999 actes chez SOS Médecins (+7%) et 3 734 passages aux urgences (+23%) enregistrés. Cette hausse concernait toutes les classes d’âge, à l’exception des 15-44 ans dans les associations SOS Médecins.
Les indicateurs hospitaliers étaient quant à eux stables (données non consolidées) avec 4 909 nouvelles hospitalisations comptabilisées (soit +1%), dont 469 (+0%) en soins critiques. Toutefois, la consolidation des données de la semaine 47 devrait confirmer la tendance à la hausse initiée la semaine dernière. Le nombre de décès à l’hôpital et en ESMS, restait en baisse(352, soit -10%, données non consolidées).
Omicron circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 reste omniprésent
En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 93% des séquences interprétables de l’enquête Flash S45 (07/11, sur la base de 844 séquences interprétables). Les données des enquêtes Flash S44 et S46 ne sont pas disponibles en raison d’un nombre de séquences trop faible, consécutif aux suspensions d’activité des laboratoires de biologie médicale privés, pour avoir des proportions robustes et interprétables. Parmi ces sous-lignages, la détection du sous-lignage BQ.1.1 (ses sous-lignages inclus) continuait d’augmenter, avec 49% des séquences interprétables au cours de l’enquête Flash S45 (vs34% pour Flash S43).
Le sous-lignage BA.4 (tous sous-lignages compris) continuait de circuler, mais à des niveaux faibles, avec 2% des séquences interprétables au cours de Flash S45 (vs 4% en S43). La détection de mutations en position L452 par les tests de criblage restait stable à des niveaux élevés (91% en S47 vs en 90% S46), en lien avec la circulation de BA.4 et BA.5 observée par séquençage. Des informations complémentaires sont disponibles dans l’analyse de risque du 16/11/2022.
La vaccination demeure essentielle chez les personnes éligibles
Au 28 novembre, seuls 7,2% des 60-79 ans et 9,4% des 80 ans et plus avaient reçu un rappel adapté au variant Omicron (10,0% et 11,3% respectivement chez les éligibles) [1]. Par ailleurs, 82,8% des 65 ans et plus avaient reçu au moins une dose de rappel.
Chez les 60-79 ans, 31,6% sont considérés comme protégés par la vaccination dès lors qu’ils ont reçu une dose récente datant de moins de 6 mois tout comme 13,0% des 80 ans et plus ayant reçu une dose datant de moins de 3 mois (tous vaccins confondus). Ces proportions ne prennent pas en compte les infections à SARS-CoV-2 ayant pu survenir dans ce délai.
Dans ce contexte, un renforcement de la vaccination s’impose, notamment par un rappel avec un vaccin bivalent (contre la souche initiale et le variant Omicron) chez les primo-vaccinés éligibles (dès 3 mois ou 6 mois après la dernière injection selon les recommandations en vigueur).
Par ailleurs pour les personnes à risque de développer une forme grave de la grippe et de COVID-19, la vaccination contre le virus de la grippe est également recommandée. Les vaccinations contre la grippe et contre la COVID-19 peuvent être réalisées au cours d’une même consultation.
Suspension temporaire de l’actualisation des indicateurs de couverture vaccinale des professionnels de santé
Afin, d’améliorer l’exhaustivité de l’estimation de couverture vaccinale des professionnels de santé exerçant en Ehpad ou USLD et des professionnels de santé libéraux, les cohortes utilisées jusqu’à présent vont être mises à jour.
Depuis le 1er décembre, l’actualisation quotidienne de ces indicateurs est temporairement suspendue. Pour rappel, ces indicateurs concernent les couvertures vaccinales au moins une dose, primo-vaccination complète et première dose de rappel.
Les indicateurs seront actualisés avec de nouvelles cohortes le jeudi 15 décembre 2022, avec l’historique reconstitué sur le tableau de bord « InfoCovidFrance » et en open-data (Géodes, data.gouv), après un temps nécessaire à la vérification et à l’analyse de la qualité de ces indicateurs.
L’adhésion aux gestes barrières doit être accentuée dans un contexte de circulation de plusieurs virus respiratoires (COVID-19, bronchiolite et grippe)
Pour se protéger et protéger les personnes à risque de formes graves de COVID-19, l’application des gestes barrières, dont le port du masque, reste nécessaire et doit être accentuée pour protéger les plus vulnérables. Le suivi des autres mesures préconisées reste également nécessaire : isolement en cas de test positif et/ou en cas de symptôme.
Dans le contexte d’une forte épidémie de bronchiolite, il est également recommandé aux parents de nourrissons et jeunes enfants, ainsi que leur entourage, d’adopter les gestes barrières pour limiter la transmission du virus à l’origine de la bronchiolite.
Pour plus d’informations : COVID-19 : point épidémiologique du 01 décembre 2022 (santepubliquefrance.fr)
Par ailleurs, Santé publique France publie le Point Sur la situation épidémiologique chez les 0-17 ans et l’actualisation des Signalements d’infections à SARS-CoV-2 nosocomiales.
Pour en savoir plus sur la COVID-19, les systèmes de surveillance et la vaccination, consultez le dossier Santé Publique France et le site Vaccination Info Service. Pour plus d’informations sur les données régionales, consultez les Points épidémiologiques régionaux. Retrouvez toutes les données en accès libre sur Géodes.
[1] Les personnes ayant reçu une dose de rappel adaptée aux variants Omicron sont les personnes avec une primo-vaccination complète qui ont reçu une dose de rappel avec un vaccin bivalent (Pfizer original/Omicron BA.5 ou Moderna original/Omicron BA.1), qu’ils aient précédemment reçu une dose de rappel, plusieurs ou aucune. Celle-ci est recommandée 3 mois après la dernière injection de vaccin pour les 80 ans et plus, et 6 mois pour les 60-79 ans et autres personnes à risque de formes graves de Covid-19. Afin de laisser le temps aux personnes éligibles de réaliser leur injection, l’éligibilité est mesurée avec un mois supplémentaire depuis la dernière injection (4 mois pour les 80 ans et plus et 7 mois pour les 60-79 ans)