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Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires (Etude)

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Santé publique France et le Centre National de Référence Virus des infections respiratoires réalisent conjointement et de façon bimensuelle, une analyse de risque sur les différents variants du SARS-CoV-2 identifiés en France et à l’international, sur la base des informations disponibles sur leur diffusion en France et à l’international.

Le format de la présente actualisation de l’analyse de risque ainsi que de celle du 11/08/2021 est allégé par rapport aux précédentes. Pour plus d’informations sur la définition des différentes catégories de variants classés dans cette analyse de risque, sur la nomenclature des variants, les connaissances disponibles sur les mutations d’intérêt ciblées par le criblage ainsi que sur les caractéristiques des VOC, VOI et VUM, veuillez-vous reporter à l’analyse de risque en date du 28/07/2021. Les analyses de risque reprendront leur format habituel à partir de celle prévue pour le 08/09/2021.

Point-clés de l’analyse de risque en date du 25/08/2021

Les sources utilisées pour cette analyse de risque sont les suivantes : données du consortium EMERGEN dont les enquêtes Flash (cf. page dédiée sur le site web de SpF), résultats des RT-PCR de criblage, base de données virologiques internationale « Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data » ou GISAID. Plusieurs faits marquants sont à noter dans la présente actualisation de l’analyse de risque liée aux variants émergents du SARS-CoV-2 : Classement des variants (Tableau 1) :

  • A ce jour, 5 variants sont classés comme VOC, 6 comme VOI et 8 comme VUM ;
  • Le classement n’a pas évolué depuis la précédente analyse de risque, à l’exception de l’ajout des sous-lignages du VOC Delta, du VOC Gamma, du VUM B.1.619 et du VUM B.1.621

Surveillance par criblage des mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R (Tableau 2 et Figure 1) :

  • Parmi les prélèvements criblés en France (dont le résultat est interprétable) sur la période du 16 au 22 août 2021 (semaine 33), la mutation L452R représentait 95,2% des prélèvements criblés pour cette mutation (+0,5 points par rapport à la semaine 32 et +2 points par rapport à la semaine 31), la mutation E484K 0,6% des prélèvements criblés pour cette mutation (-0,3 points par rapport à la semaine 32) et la mutation E484Q 0,4% des prélèvements criblés pour cette mutation (aucun changement par rapport à la semaine S32) ;
  • D’après GISAID, le VOC Delta représentait 90% des séquences de France métropolitaine portant la mutation L452R sur la période 01/08-24/08/2021.
Epidémiologie et impact en santé publique des variants préoccupants (VOC) et à suivre (VOI)

Sur la base des données de séquençages, la situation actuelle en France est caractérisée par une circulation quasi-exclusive du VOC Delta, qui représentait 98% des prélèvements séquencés dans les deux dernières enquêtes Flash. Aucun autre variant ne semble actuellement progresser en France. Le variant Delta a remplacé en quelques semaines le VOC Alpha qui était majoritaire en France métropolitaine et semble également avoir pris la place des autres variants qui circulaient à bas bruit.

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PJ

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